為什麼大多數的國旗都是由色條组成，或者左上角划分一个四分之一的区域？
旗帜这个东西完全从纹章独立出来，不过几十年的时间——美国旗帜学家 Whitney Smith 于 1957 年才第一次提出旗帜学（ vexillology ）的概念。
所以，脱离纹章来回答这个问题，都是瞎搞。
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先概括地回答一下：
关于「由色條组成」的国旗，基本如 经雷 的回答链接里 独眼 的回答，正是为了消除纹章对旗帜的影响。
而「左上角划分一个四分之一的区域」，则是纹章里一种常见样式应用到了旗帜上。
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传统纹章的样式要比现在各种国旗的样式复杂得多。现在的国家、地区的旗帜，尤其是欧洲（纹章的发源地）的旗帜，基本都能在纹章里找到更繁琐的对应造型。
旗帜，或者纹章的 field 的垂直中线和水平中线分出来的四个区域，在旗帜学、纹章学里叫做 canton。其中，左上角的是默认的 canton，其他三个 canton 在描述时要加定语，比如右上角的可以叫 2nd canton 或 upper fly canton（fly 指旗帜远离其旗杆的那条垂直边；贴近旗杆的垂直边叫 hoist）。
只有 canton 的样式不一样，其余 field 样式一样的情况，叫做 canton（这是样式的名称；前面提到的 canton 是旗帜或纹章上一个区域的名称）。
四个 canton 各有样式的情况，叫做 quarter。
纹章里很常见将 field 四分，甚至更多分的情况。
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比如，卡斯蒂利亚与莱昂（大约是今天西班牙西北，加利西亚自治区、阿斯图里亚自治区，以及葡萄牙北部一点）的伊丽莎白一世（1451 - 1504），在作为公主时的纹章如下：
Field 上仅有特拉斯塔马拉家族的标志。其中，红底黄城堡代表卡斯蒂利亚，白底红狮子代表莱昂。
而在成为卡斯蒂利亚与莱昂的女王以及阿拉贡王后以后，她的纹章变成了：
红黄竖条（paly）代表阿拉贡，红黄竖条带左右白底黑鹰代表撒丁（当时属于阿拉贡），下面的石榴花代表格拉纳达。
再比如，捷克的国徽：
红底白狮子代表波希米亚，蓝底红白 checky 鹰代表摩拉维亚，黄底黑鹰代表西里西亚。
还有像曾经的奥匈帝国，国旗直接是当时奥地利的海军旗加上匈牙利的民用海旗：
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通过这三个直观的例子，大家应该可以有这么一个概念：有的单个旗帜或纹章需要代表多个实体，而这些实体本身的 charge 并不一定像英国国旗的组成一样，都是各种 cross，套在一起也分得出你我，所以只能照搬上去，互不干扰。
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而像当代的一些国旗，比如澳大利亚新西兰之类，不像上述情况一样要保留一堆东西，它们需要保留的只有一个英国国旗，所以只需要放在 canton 里就行了。实际上，诸如澳大利亚和新西兰国旗的来源就是英国的政府海旗。
英国政府海旗（蓝色 field，国旗位于 canton）
Canton 这种样式有一个好，就是既展示了 canton 里的东西，又尽量留给了 canton 以外更完整的空间。
至于为什么要以左上角的 canton 为默认 canton，这就是实用的问题了。对于旗帜的正面来说，旗杆是在左的。正常情况下，旗帜的 hoist 没那么容易烂，而 fly 更容易烂。你把重要的 canton 放在右边，过不了多久就看不清楚是个什么东西了——总之不及放左边耐操。至于上下，道理就更简单了。本来旗帜的出现就是为了把纹章上的图案尽可能升高，上面当然比下面更重要了。
由于纹章不存在 hoist 和 fly 的区别，所以相对少有 canton 的样式。
而旗帜里一个典型的例子，如玻利维亚的海军旗：
它的 canton 里放了两面旗帜：玻利维亚国旗和玻利维亚的原住民旗（这是玻利维亚官方的代表原住民的旗帜）。虽然美观性相对差了一点，但这样重要图案不容易烂呀。
很多国家的海旗（包括民用/政府/军用）都是跟英国学的，都是 canton 式的；国旗保留在 canton 里，民用旗大多是红色 field，政府与军用是其他颜色。
斯里兰卡海军旗（白色 field，国旗位于 canton）
斯里兰卡民用海旗（红色 field，国旗位于 canton）
斯里兰卡政府海旗（蓝色 field，国旗位于 canton）
孟加拉国海军旗（白色 field，国旗位于 canton）
孟加拉国民用海旗（红色 field，国旗位于 canton）
马来西亚海军旗（白色 field，国旗位于 canton，canton 外面有红色 fimbriation；带有其他 charge）
马来西亚政府海旗（蓝色 field，国旗位于 canton）
马来西亚民用海旗（红色 field，国旗位于 canton，canton 外面有蓝色 fimbriation）
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色条（竖： pale、pales、paly，横：fess、fesses、barry）在纹章上就是常见样式（如上面提到过的阿拉贡）。而且 stripe 最显著的优点就是简单——不然大家说说还有其他什么 charge 更简单？当今旗帜设计的一个原则也是简单，色条成为旗帜样式的主流完全没有任何意外呀。如果世界国旗主流是正七边形的 charge，这个问题才有意义。
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最后放个我写的旗帜学科普。我也不是专业的，请懂行的轻喷。
